Universitas Muhammadiyah Berau berawal dari Akademi Manajamen Muhammadiyah (AMM) Tanjung Redeb yang berdiri pada tahun 1991 oleh Pimpinan Cabang Muhammadiyah Berau pada saat itu ( sekarang menjadi Pimpinan Daerah Muhammadiyah Berau). dan pada tahun 1992 mendapat pengesahan pemerintah melalui Direktorat Jenderan Pendidikan Tinggi Departemen Pendidikan Dan Kebudayaan RI No 243/Dikti/1992 dengan jenjang pendidikan Diploma 3 (D3). Kemudian pada tahun 1994 AMM beriubah menjadi Sekolah Tinggi Ilmu Ekonomi Muhammadiyah Tanjung Redeb berdasarkan Surat Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia nomor : 037/D/O/1994 tanggal 18 Mei 1994 dengan program Studi Manajemen program Sarjana (S1) dan Program Ilmu Ekonomi Dan Studi Ekonomi Pembangunan program sarjana (S1) dan Diploma 3, Pada tahun 2005 dibuka program Studi Akuntansi program Sarjana (S1). Dalam usaha mewujudkan sumber daya manusia yang unggul bagi masyarakat Kabupaten Berau,), maka STIE Muhammadiyah Tanjung Redeb pada tahun 2019 mengajukan usul perubahan bentuk menjadi Universitas Muhammadiyah Berau dengan menambah beberapa program studi (prodi), yaitu ; Teknik dan Rekayasa Lingkungan, Teknik dan Rekayasa Sipil, Bisnis Digital, Konservasi Biology dan Perencanaan Wilayah dan Kota.