Institut Teknologi dan Bisnis Muhammadiyah Walatobi (ITBM Wakatobi), didirikan atas dasar wujud idealisme serta komitmen dari warga Muhammadiyah di wilayah Kabupaten Wakatobi untuk terus beramal shaleh, khususnya untuk meningkatkan mutu kehidupan masyarakat. Gagasan pendirian Perguruan Tinggi Muhammadiyah (PTM) di wilayah Kabupaten Wakatobi pada dasarnya telah ada sejak tahun 2011. 

Gagasan tersebut diinisasi oleh beberapa pengurus PDM Kabupaten Wakatobi untuk membuka Institut Muhammadiyah Wakatobi dengan 10 Jurusan. Namun kemudian mandek karena terkendala pada berbagai persyaratan mutlak yakni SDM dalam perekrutan dosen linear sesuai jurusan yang akan dibuka.

Setelah sekian lama tidak aktif, gagasan untuk mendirikan Perguruan Tinggi Muhammadiyah (PTM) tumbuh kembali dalam Musyawarah Daerah Muhammadiyah Kabupaten Wakatobi tanggal 6 Juli 2015. Selanjutnya, untuk menindaklanjuti amanat Musyda tersebut, pada tahun 2018 mulai dilakukan kerja-kerja tim dalam mengumpulkan dokumen dan berbagai persyaratan untuk menghadirkan Institut di bumi Wakatobi. Pemilihan Institut berdasarkan atas berbagai pertimbangan atas kegagalan pendirian Institut di tahun 2013. 

Pengusulan Institut Teknologi dan Bisnis Muhammadiyah Wakatobi pernah gagal untuk divisitasi karena kurangnya SDM dalam memenuhi persyaratan borang. Kemudian pada tahun 2019, kembali tim pendiri ITBM Wakatobi melengkapi dokumen borang sesuai dengan prodi yang akan dibuka yakni Prodi Teknologi Informasi, Prodi Ilmu Perikanan, dan Prodi Kewirausahaan. Alhamdulillah, pada bulan Agustus tahun 2020 divisitasi dan dinyatakan lulus untuk pendirian Institut.

Hasil visitasi ini kemudian ditindaklanjuti dengan membentuk Tim Percepatan Dokumen, yang segera melakukan konsolidasi, studi banding dan segala persiapan yang diperlukan. Meskipun, proses pendirian ITBM Wakatobi harus melalui berbagai tahapan yang cukup sulit, akan tetapi dengan dukungan yang kuat dari berbagai pihak. Muara dari kerja keras tim percepatan, pada tanggal 6 Oktober 2020 secara resmi di proklamasikan berdirinya ITBM Wakatobi melalui SK Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia Nomor: 942/M/2020, tanggal 6 Oktober Tahun 2020 tentang Izin Pendirian ITBM Wakatobi di Kabupaten Wakatobi Provinsi Sulawesi Tenggara yang diselenggarakan oleh Persyarikatan Muhammadiyah.