Sejarah perkembangan pendidikan Farmasi di Cirebon di awali dengan berdirinya Sekolah Menengah Farmasi (SMF) Muhammadiyah Cirebon pada tahun 1980. Seiring tuntutan zaman dimana Tenaga Teknis Kefarmasian harus meningkatkan kompetensinya maka tahun 1999 didirikan Akademi Farmasi (AKFAR) Muhammadiyah Cirebon yang merupakan pendidikan D3 Farmasi yang pertama di Jawa Barat. Kemudian tanggal 29 Januari 2007 AKFAR alih pembinaan dari Pusdiknakes Depkes RI kepada Direktorat Dikti Depdiknas, sesuai dengan SK Dirjen Dikti Depdiknas no.: 19/D/O/2007 tanggal 29 Januari 2007, tentang Pemberian Ijin Pengalihan Pembinaan AKFAR Muhammadiyah Cirebon dari Depkes ke Depdiknas. 

Tahun 2017 AKFAR Muhammadiyah Cirebon mengembangkan diri dan alih bentuk menjadi Sekolah Tinggi Farmasi Muhammadiyah (STFM) Cirebon sesuai SK Menristek Dikti RI no.: 564/KPT/I/2017, tanggal 9 Oktober 2017 yang diselenggarakan oleh Persyarikatan Muhammadiyah. STFM Cirebon menyelenggarakan program studi S1 dan D3 Farmasi yang sampai tahun 2021 telah meluluskan sebanyak 1.732 orang dan telah bekerja diberbagai bidang baik pemerintah maupun swasta.