Semula secara resmi UM Pontianak yang diberi izin pendirian sesuai dengan Surat Keputusan dari Departemen Pendidikan dan Kebudayaan Nomor: 0518/O/1990 dengan memberikan status terdaftar kepada 3 Fakultas yaitu; Fakultas Ekonomi Jurusan Manajemen, Fakultas Perikanan & Ilmu Kelautan Jurusan Budidaya Perairan, dan Fakultas Teknik Jurusan Teknik Mesin. Tahun 1991, UM Pontianak mendirikan Fakultas Tarbiyah Jurusan Pendidikan Agama Islam sesuai dengan SK Menteri Agama Nomor: 125 Tahun 1991 tanggal 12 Juli 1991. Kemudian Tahun 1996, berdasarkan SK Menteri Agama Nomor 499 Fakultas Tarbiyah berubah nama menjadi Fakultas Agama Islam. Tahun 2002, FAI mengembangkan Program D2 Pendidikan Guru Taman Kanak-Kanak Islam (PGTKI) berdasarkan SK Koordinator Kopertis Wilayah XI, Kemudian UM Pontianak mendirikan Fakultas Kesehatan dengan Program Studi Kesehatan Masyarakat Tahun 2003 berdasarkan surat Depdiknas Dirjen Dikti Nomor 1621/D/T/2003. Tahun 2007, Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan didirikan terdiri dari 2 Program studi Pendidikan Anak Usia Dini dan Pendidikan Kimia yang keduanya untuk jenjang S1.