Cikal bakal berdirinya STKIP Muhammadiyah Kalabahi diawali dengan kerja sama Pemerintah daerah Kabupaten Alor dengan Universitas Muhammadiyah Kupang pada tahun 1997 untuk meningkatkan Sumber Daya Manusia (SDM) khususnya Pegawai Negeri Sipil (PNS) di lingkungan pemerintah daerah kabupaten Alor dengan membuka beberapa program studi, akan tetapi dalam perjalanannya disambut baik juga oleh masyarakat sehingga banyak mahasiswa bebas (Non PNS) ikut mendaftar sebagai mahasiswa Universitas Muhammadiyah Kupang (UMK). 

Seiring perjalanan waktu keluarlah aturan pemerintah dari Kementrian Pendidikan yang melarang pelaksanaan perkuliahan jarak jauh, maka pada tahun 2010 Pimpinan Daerah Kabupaten Alor atas nama Yayasan Persyarikatan Muhammadiyah menugaskan kepada Bapak H. Husen Tolang (Ketua Pimpinan Daerah Muhammadiyah), Bapak M. Boy Idris, BA (Kepala SMA Muhammadiyah Kalabahi) dan Bapak Aksa Kiri, SE (Ketua Pengelolah Universitas Muhammadiyah Kupang Kampus II Kalabahi) untuk menyiapkan semua persyaratan dan mengajukan ijin pendirian Sekolah Tinggi Keguruan dan Ilmu Pendidikan Muhammadiyah Kalabahi ke Menteri Pendidikan Republik Indonesia. 

Dalam proses tersebut pada tanggal 17 Oktober 2014 keluarlah ijin penyelenggaraan Sekolah Tinggi Keguruan dan Ilmu Pendidikan Muhammadiyah Kalabahi dengan dua program studi yaitu Pendidikan Guru Sekolah Dasar dan Pendidikan Matematika dengan nomor SK : MENDIKBUD RI : 575/E/O/2014. Selanjutnya pada tanggal 28 Maret 2015 dilaksanakan peresmian sekaligus pelantikan Ketua Sekolah Tinggi Keguruan dan Ilmu Pendidikan Muhammadiyah Kalabahi yang pertama yakni Bapak Aksa Kiri, SE,. yang diangkat berdasarkan SK Pimpinan Pusat Muhammadiyah No: 53/KEP/I.0/D/2015 dengan masa jabatan dari tanggal 7 Maret 2015 s/d 7 Maret 2019. Tanggal 17 Oktober 2014 melalui Surat Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia Nomor: 575/E/O/2014 tertanggal 17 Oktober 2014 tentang Izin Pendirian Sekolah Tinggi Keguruan dan Ilmu Pendidikan Muhammadiyah Kalabahi di Kabupaten Alor Propinsi Nusa Tenggara Timur yang diselenggarakan oleh Persyarikatan Muhammadiyah di Wilayah Propinsi Nusa Tenggara Timur yang Diselenggarakan oleh Persyarikatan Muhammadiyah di Propinsi Daerah Istimewa Yogyakarta, dengan menyelenggarakan 2 (dua) Program Pendidikan Sarjana dengan Program studi: Pendidikan Guru Sekolah Dasar (PGSD) dan Pendidikan Matematika. Proses usulan pendirian Sekolah Tinggi Keguruan dan Ilmu Pendidikan (STKIP) Muhammadiyah Kalabahi kepada Direktorat Pendidikan Tinggi Kementerian Pendidikan dan Kebudyaan Republik Indonesia melalui Pimpinan Daerah Muhammadiyah (PDM) Kabupaten Alor dengan rekomendasi Majelis Pendidikan Tinggi dan Litbang Pimpinan Pusat Muhammadiyah. 

Selanjutnya, proses penyelenggaraan akademik dibuka pada tahun 2015, dan berjalan sampai tahun sekarang (2018). Dan dalam rangka pelaksanaan proses penjaminan mutu terhadap pelaksanaan Catur Dharma Perguruan Tinggi sejak berdirinya Sekolah Tinggi Keguruan dan Ilmu Pendidikan (STKIP) Muhammadiyah Kalabahi dan mengingat wisuda angkatan pertama STKIP Muhammadiyah Kalabahi pada tahun 2019, Maka pada tahun 2017 Ketua STKIP Muhammadiyah Kalabahi Membentuk panitia persiapan akreditasi untuk mempersiapkan segala macam berkas yang berhubungan dengan 7 (tujuh) standar yang terhimpun dalam borang akreditasi. Selanjutnya Operator Sapto mengajukan akreditasi program studi ke Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi (BAN-PT) pada tahun 2018.