Awal pendirian Institut Teknologi Bisnis dan Kesehatan Muhammadiyah Tulungagung (ITBKES MUTU) dimulai pada tahun 2018 yang diprakarsari oleh Dwi Septian Wijaya dan Soeripto (Sekretaris PDM Trenggalek). Pada tahun 2018 saat itu Dwi Septian Wijaya menyusun pendirian Perguruan Tinggi Muhammadiyah di Trenggalek dengan Nama Institut Teknologi dan Bisnis Muhammadiyah (ITB), namun terkendala dengan kesiapan lokasi pada saat itu di Trenggalek, maka pada tahun 2019 Dwi Septian Wijaya bersama Soeripto (Sekretaris PDM Trenggalek) untuk membawa pendirian ITB ke Kabupaten Tulungagung, yang sebelumnya juga sudah mempunyai Perguruan Tinggi Muhammadiyah yaitu STAIM Tulungagung dibawah Kemenag.

Pada tahun 2019 dilaksanakan pertemuan dengan PDM Tulungagung untuk pendirian dan menyusun studi kelayakan dengan 5 program studi (S1 Bisnis Digital, S1 Gizi, S1 Administrasi Kesehatan, S1 Bio Kewirausahaan dan S1 Bioteknologi). Pada proses pendiriannya, Dwi Septian Wijaya banyak melakukan kajian – kajian yang dianggap layak untuk membuka program studi, dan juga berkunjung ke para pimpinan perguruan tinggi Muhammadiyah lain seperti Rektor Universitas Muhammadiyah Bandung (Prof Dr. H Suyanto) untuk berkonsultasi dan pendampingan sampai pada proses usul rekomendasi ke LLDIKTI Jawa Timur.

Pada tanggal 11 September 2020 proses pengajuan Rekomendasi kepada LLDIKTI Jawa Timur dan pada tanggal 29 Desember 2020 mendapatkan rekomendasi oleh LLDIKTI Wilayah Jawa Timur. Selanjutnya setelah mendapatkan rekomendasi LLDIKI Jawa Timur adalah pengajuan ijin operasional oleh Kemendikbudristek. Pada tanggal 15 Februari 2022 secara resmi mendapatkan ijin operasional oleh Kemendikbudristek Berdasarkan SK Kemendikbudristek Nomor 66/E/O/2022 dengan 4 program studi (S1 Gizi, S1 Bioteknologi, S1 Bisnis Digital dan S1 Bio Kewirausahaan).