Sekolah Tinggi Ilmu Kesehatan (STIKES) Muhammadiyah Kuningan adalah lembaga pendidikan tinggi di bawah Persyarikatan Muhammadiyah yang berdiri pada tanggal 28 Agustus 2018 dengan SK No. 700/KPT/I/2018 sebagai perubahan bentuk dari Akademi Farmasi (AKFAR) Muhammadiyah Kabupaten Kuningan yang telah berdiri sejak tahun 2008 dengan surat izin dari Dinas Kesehatan Provinsi Jawa Barat No. 421/10271/SDK, dari Badan PPSDMK Depkes RI No. HK.03.05/1/4/3669/2008, serta SK Menteri Pendidikan Nasional RI No. 175/D/0/2008 dan merupakan perguruan tinggi pertama di wilayah Persyarikatan Muhammadiyah Kuningan. 

Pendirian AKFAR Muhammadiyah Kuningan saat itu diinisiasi oleh Wawang Anwarudin, S.Si.,Apt bersama dengan Ade Irawan, S.Si.,Apt yang disambut baik oleh Bandi, BA sebagai salah satu Pimpinan Daerah Muhammadiyah Kuningan kala itu, dan melalui SK PD Muhammadiyah Kabupaten Kuningan No. 65/KEP/III.4/PT/2007 tentang pendirian AKFAR Muhammadiyah Kuningan. Pada tahun 2015 AKFAR Muhammadiyah Kuningan membangun gedung baru yang berlokasi di Jl. Pangeran Adipati No. D4, Blok Cisumur, Kelurahan Cipari, Kecamatan Cigugur, Kabupaten Kuningan yang sebelumnya AKFAR Muhammadiyah Kuningan berada dalam satu komplek perguruan Muhammadiyah bersama dengan SMK Muhammadiyah 2 Kuningan dan STKIP Muhammadiyah Kuningan. Dengan semangat tempat baru dan gedung baru menjadi motivasi bagi Apt. Wawang Anwarudin, M.Sc Direktur AKFAR Muhammadiyah Kuningan saat itu untuk memprakarsai perubahan bentuk menjadi STIKES Muhammadiyah Kuningan dibantu oleh Sukisno, M.Pd dan team. 

Setelah menempuh perjuangan panjang akhirnya pada tahun 2018 AKFAR Muhammadiyah Kuningan berubah bentuk menjadi STIKES Muhammadiyah Kuningan dengan program studi D3 Farmasi dan S1 Farmasi. Kegembiraan ini berlanjut dengan diperolehnya Akreditasi B bagi Program Studi D3 Farmasi dari LAMPTKes dengan SK No. 0683/LAM-PTKes/Akr/Dip/IX/2018, kegembiraan kedua telah selesainya pembangunan; 1) Masjid Abdullah Bin Ali Al Furoih; 2) Ruang Kuliah Baru; 3) Ruang Laboratorium Baru; 4) Ruang Asrama; 5) Ruang Aula; 6) Lapangan, serta kegembiraan ketiga adalah dimulainya pembangunan Rusunawa STIKES Muhammadiyah Kuningan satu tower dari Kementrian PUPR.