Stikes Muhammadiyah Bojonegoro pada awalnya di awali dari ide PDM Bojonegoro untuk mendirikan Stikes Muhammadiyah Bojonegoro sejak tahun 2004, Namun pengajuan pendirian Stikes Muhammadiyah Bojonegoro belum berhasil. Kehadiran tenaga baru perawat dengan kualifikasi S2 di RS Aisyiyah Bojonegoro pada Oktober 2011 membangkitkan lagi cita-cita tersebut. Pada tahun 2011 dilaksanakan pembentukan panitia pendiri Stikes Muhammadiyah Bojonegoro yang diketuai oleh ust. H. Zainuddin, Panitia pendiri Stikes Muhammadiyah Bojonegoro mengajukan pendirian tetapi saat itu terjadi moratorium pada program studi tertentu. pengajuan pendirian dilakukan lagi pada tanggal 30 juni 2012 pada program studi yang tidak terjadi moratorium. Pada tanggal 10 juni 2014 dilakukan revisi pengajuan pendirian Stikes yang telah dilakukan dan pada tanggal 19 juni 2014 dilaksanakan presentasi di Direktorat Jendral Pendidikan Tinggi oleh Ns.Sudalhar,M.Kep dan didampingi oleh Drs.H.Sholikin Jamik,SH.

Pada Tanggal 28 Agustus 2014 telah dilakukan Visitasi oleh tim DIKTI Kementerian Pendidikan Nasional Jakarta. Alhamdulilah, Setelah melalui upaya yang cukup keras akhirnya Draft SK Ijin Operasional ditandatangani pada tanggal 16 September 2014, SK MENDIKBUD NO.410/E/O/2014. Tepat pada Tanggal 5 november 2014 penyerahan SK ijin STIKES MUHAMMADIYAH BOJONEGORO diterima oleh Ns.Sudalhar,M.Kep dan didampingi oleh Drs.H.Sholikin Jamik,SH MH, di Gedung Dikti lantai 6 Jl. Pintu Senayan Jakarta.