Sejarah lahirnya STIKes Muhammadiyah Aceh berawal dari Sekolah Perawat Kesehatan (SPK) Muhammadiyah Aceh, yang izin pertamanya di keluarkan oleh Departemen Kesehatan RI, bersamaan dengan izin Sekolah Kesehatan Muhammadiyah se Indonesia.

Pendiriannya diprakarsai oleh Majelis Pembina Kesehatan Umum (MPKU) PP. Muhammadiyah pada tahun 1983, dilaksanakan oleh Pimpinan Wilayah Muhammadiyah Aceh yang berkedudukan di Jalan Harapan No 14 Punge Blang Cut, Banda Aceh, selanjutnya di konversi menjadi Akademi Keperawatan Muhammadiyah Banda Aceh yang di awali pada tahun 1994, kemudian di rubah lagi menjadi Akademi Kebidanan Muhammadiyah Banda Aceh pada tahun 2000 (SK. Menkes, Nomor : HK.000.06.0.3.0584.1 dan SK Alih Bina ke Kemendikbud, Nomor : 133/E/O/2010) yang Kampusnya bertempat di Jln. Punge Blang Cut Lr. Penyantun Kota Banda Aceh dan Akademi Teknik Elektromedik ( SK Alih Bina dari Kemenkes ke Kemendikbud, Nomor : 18/E/O/2013) selanjutnya di lakukan penggabungan antara AKBID Muhamadiyah Banda Aceh dan Akademi Teknik Elektro Medik Kupula Banda Aceh menjadi STIKes Muhammadiyah Aceh dengan Surat Keputusan Kementerian Riset dan Teknologi dan Pendidikan Tinggi RI Nomor 263/KPT/I/2019 tanggal 12 April 2019, yang memberikan izin penyelenggaraan Prodi Teknologi Elektromedis Program Diploma Tiga, Prodi Administrasi Rumah Sakit Program Sarjana, Prodi Kebidana Program Sarjana dan Prodi Pendidikan Profesi Bidan Program Profresi