STIT Muhammadiyah Paciran pada awalnya didirikan pada tanggal 08 April 1988 dan mendapatkan ijin operasional dari Kopertais Wilayah IV Surabaya dengan nomor : 05/II/Kopwil.IV/88 tertanggal 28 April 1988 dengan status TEDAFTAR, legalitas kelembagaan selanjutnya mendapat ijin pendirian melalui SK Menteri Agama nomor : 112 tahun 1989 tanggal 27 Mei 1989.

Pada tahun 1995 mendapatkan SK penetapan kembali dengan nomor : 187 tahun 1995 dan disambung pada tahun 1999 juga mendapatkan SK penetapan kembali dengan nomor : E/312/1999.

Pada tahun 2000 STIT Muhammadiyah Paciran mendapatkan SK Terakreditasi “ C “ oleh BAN-PT dengan nomor SK : 008/BAN-PT/Ak.IV/VI/2000.

Pada Tahun 2009 STIT Muhammadiyah Paciran kembali memperoleh SK perpanjangan dengan nomor: Dj.II/49/2004 tertanggal 29 Maret 2009 dari Dirjen Kelembagaan Agama Islam, dan status terakhir pada tanggal 23 Oktober 2009 STITM Paciran kembali mendapatkan SK perpanjangan dengan nomor: Dj.I/619/2009 dari Dirjen Kelembagaan Agama Islam.

Pada tahun 2012 STIT Muhammadiyah Paciran mendapatkan SK Terakreditasi “C” oleh BAN- PT dengan nomor : 003/BAN-PT/Ak-XVI/S1/IV/2012.

Pada Tahun 2016 STIT Muhammadiyah Pacitan Mendapatkan SK Terakreditasi “C“ Oleh BAN-PT dengan nomor : 0095/SK/BAN- PT/Akred/PT/III/2016.

Pada tahun 2017 Program Studi Pedidikan Agama Islam, Pada Program Sarjana STIT Muhammadiyah Paciran Mendapatkan SK Terakreditasi “B“ Oleh BAN-PT dengan nomor : 2071/SK/BAN- PT/Akred/S/VI/2017.

Dan pada tahun 2021 STIT Muhammadiyah Paciran mendapatkan SK Terakreditasi “Baik“ Oleh BAN-PT dengan nomor. 855/SK/BAN-PT /Akred/PT/IX/2021.