UMC didirikan sebagai perwujudan idealisme dan komitmen warga Muhammadiyah Cirebon untuk terus beramal shaleh, khususnya dalam bidang peningkatan mutu kehidupan masyarakat. Dalam Rapat Pimpinan PDM Kota/Kabupaten Cirebon tanggal 8 Desember 1999, disepakati untuk mendirikan Universitas Muhammadiyah Cirebon (UMC). 

Keputusan Rapim ini kemudian ditindaklanjuti dengan membentuk Badan Pendiri UMC, yang segera melakukan konsolidasi, studi banding dan segala persiapan yang diperlukan. Proses pendirian melalui Kopertis Wilayah IV dan Dirjen Dikti melalui tahap-tahap yang tidak mudah. 

Kerja keras BP UMC akhirnya mendapat dukungan berbagai pihak. Pimpinan Pusat Muhammadiyah melalui Majelis Dikti kemudian merestui pendirian UMC. Maka pada 12 Agustus 2000 di proklamasikan berdirinya UMC dengan 8 Program Studi Jenjang D-III dan S1. Pendirian UMC ini kemudian diakui dan disahkan pemerintah melalui SK Mendiknas RI No 203/D/0/2000 tanggal 28 September 2000.