Universitas Muhammadiyah Gresik didirikan atas upaya meningkatkan amal usaha Muhammadiyah dibidang pendidikan tinggi, karena pada saat itu di daerah Kabupaten Gresik belum ada Perguruan Tinggi. Berdasarkan Surat Keputusan Pimpinan Daerah Muhammadiyah Kabupaten Gresik Majelis Pendidikan Pengajaran dan Kebudayaan Nomor : E.1/017-V/1980 tanggal 25 Mei 1980, berdirilah Universitas Muhammadiyah Gresik yang peresmiannya dilakukan oleh Bupati Kabupaten Gresik Bapak Kolonel Wasiadji, SH yang juga sebagai pelindung.

Sejak tahun 1983 Universitas Muhammadiyah Gresik mengajukan status terdaftar ke Kopertis Wilayah VI (sekarang Wilayah VII). Atas petunjuk Kopertis Wilayah VI dan kesepakatan bersama antara Pimpinan IKIP Muhammadiyah Surabaya, Institut Teknologi Surabaya dan Universitas Muhammadiyah Gresik, Ketiga Perguruan Tinggi tersebut digabungkan berdasarkan Surat Keputusan Mendikbud RI. Nomor : 0141/0/1984 tanggal 9 Maret 1984 menjadi Universitas Muhammadiyah Surabaya. Di Gresik sendiri diberi nama Universitas Muhammadiyah Surabaya Kampus Gresik.

Dengan beberapa pertimbangan dan perkembangan Universitas Muhammadiyah Surabaya Kampus Gresik, pada tahun 1987/1988 telah dibuka dua Fakultas yaitu Fakultas Pertanian dan Fakultas Perikanan.

Kedua Fakultas tersebut diajukan untuk mendapatkan status terdaftar sebagai Sekolah Tinggi Pertanian Muhammadiyah dan Sekolah Tinggi Perikanan Muhammadiyah Gresik melalui Kopertis Wilayah VII Surabaya. Berdasarkan Surat Keputusan Mendikbud RI Nomor : 0763/0/1989 dan Nomor : 0841/0/1989 kedua Sekolah Tinggi tersebut mendapat Status Terdaftar.