Salah satu keputusan konferensi Majelis Pengajaran Muhammadiyah yang diadakan di pekalongan adalah mendirikan Fakultas Hukum dan Falsafah di Padang Panjang, yang secara resmi dibuka pada tanggal 18 November 1955, yang selanjutnya pada tahun 1956 dipindahkan ke Jakarta , dengan nama baru yakni Perguruan Tinggi Pendidikan Guru (PTPG). Selanjutnya PTPG diresmikan pada tanggal 18 November 1975.

Hingga saat ini Universitas Muhammadiyah Jakarta telah memiliki 10 (sepuluh) Fakultas yaitu Fakultas Hukum, Fakultas Ilmu Sosial dan Ilmu Politik, Fakultas Ekonomi dan Bisnis, Fakultas Teknik, Fakultas Agama Islam, Fakultas Pertanian, Fakultas Kedokteran dan Kesehatan, Fakultas Ilmu Pendidikan, Fakultas Ilmu Keperawatan dan Fakultas Kesehatan Masyarakat.

Pada Tanggal 2 April 2019 berdasarkan Keputusan BAN-PT No. 148/SK/BAN-PT/Akred/PT/IV/2019 Universitas Muhammadiyah Jakarta memperoleh Akreditasi Institusi Perguruan Tinggi dengan Peringkat B dari Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi.