Universitas Muhammadiyah Kalimantan Timur (disingkat menjadi UMKT) berdiri berdasarkan SK No 463/KPT/I/2017 yang dikeluarkan oleh Kementerian Riset, Teknologi dan Perguruan Tinggi (Kemenristek Dikti), merupakan merger

Sekolah Tinggi Ilmu Ekonomi dan Sekolah Tinggi Ilmu Kesehatan Muhammadiyah Samarinda. Penggabungannya kini berubah status menjadi Universitas Muhammadiyah Kalimantan Timur (UMKT).

Peluncuran UMKT secara resmi dilaksanakan pada Jumat 6 Oktober 2017. Merger antara STIE dan STIKES Muhammadiyah Samarinda menjadi UNIVERSITAS MUHAMMADIYAH KALIMANTAN TIMUR