Universitas Muhammadiyah Papua merupakan perubahan status dari STIKOM Muhammadiyah Jayapura yang berdiri sejak tahun 2001 dan berdasarkan SK Kementerian Pendidikan dan Kebudayaan Nomor: 973/M/2020 Tentang perubahan bentuk Sekolah Tinggi Ilmu Komunikasi Muhammadiyah Jayapura menjadi Universitas Muhammadiyah Papua pada tanggal 6 oktober 2020.