Pendirian Universitas Muhammadiyah Semarang (Unimus) mulai dirintis oleh Pimpinan Wilayah Muhammadiyah Jawa Tengah sejak tahun 1996, dan pada tahun 1999 mendapatkan Ijin Operasional dari Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia dengan nomor : 139/D/O/1999. Sesuai dengan amanah Sidang Tanwir Pimpinan Wilayah Muhammadiyah di Karanganyar semua Perguruan Tinggi Muhammadiyah di Semarang digabung dalam Universitas Muhammadiyah Semarang (Unimus) yang kemudian di tindaklanjuti dengan diterbitkannya Surat Keputusan Pimpinan Wilayah Muhammadiyah No. III.B/1.A/087/2001. 

Secara administratif penggabungan dengan Akademi Keperawatan, Akademi Gizi dan Akademi Analis Kesehatan tersebut terlaksana mulai tahun 2002, dan secara resmi penggabungan tersebut memperoleh Surat Keputusan Menteri Pendidikan Nasional dengan No. 28/D/O/2005. Hingga saat ini Unimus telah memiliki 28 Program Studi yang terdiri dari 4 (empat) Program Profesi, 17 (tujuh belas) Program Strata Satu (S-1), 1 (satu) Program Studi Diploma 4 (D-4), dan 4 (empat) Program Diploma Tiga (D-3), dan 2 (dua) Program Magister (S-2).